Studia drugiego stopnia trwają 2 lata i kończą się uzyskaniem dyplomu magistra, ze specjalnością Biotechnologia, Mikrobiologia lub Biologia molekularna. Absolwenci kierunku biotechnologia są bardzo dobrze przygotowani, zarówno teoretycznie jak i praktycznie, do stosowania określonych technik biotechnologicznych. Są więc przygotowani do pracy w nowoczesnych technologiach związanych z przemysłem farmaceutycznym, spożywczym, fermentacyjnym, utylizacyjnym; technologiach związanych z zastosowaniem inżynierii genetycznej do selekcji i modyfikacji mikroorganizmów i komórek organizmów wyższych, do przeprowadzania procesów biosyntezy, do izolacji i oczyszczania bioproduktów, do ich szczegółowej analizy i diagnostyki. Przygotowani są też do pracy w szeroko pojętej służbie zdrowia w dziedzinie analizy i diagnostyki bakteriologicznej, medycznej i epidemiologicznej. Ważną dziedziną, do której również są przygotowani absolwenci tej specjalności jest technologia żywności w zakresie analizy i diagnostyki, przede wszystkim bakteriologicznej. Absolwenci są przygotowani do pracy w instytucjach wykorzystujących nowoczesne techniki biomolekularne związane z medycyną, technologią żywności, farmacją itp. Absolwenci kierunku Biotechnologia mają możliwość odbycia kształcenia pedagogicznego, które nadaje uprawnienia do podjęcia pracy nauczycielskiej w szkołach ponadgimnazjalnych. Absolwenci kierunku Biotechnologia są bardzo dobrze przygotowani do podjęcia studiów trzeciego stopnia na uczelniach w kraju, w instytutach naukowo-badawczych i licznych uniwersytetach europejskich.
Czas trwania: 2 lata